Немного поразбиравшись с CMS MediaWiki одной из первых мыслей была «хочу убрать index.php из URL»

Делается это довольно легко.
Моя MediaWiki установлена в директорию /wiki/, поэтому и настройки будут соответствующие.

1 шаг:
Добавляем в .htaccess следующие строки:

RewriteEngine On
RewriteRule ^/(.*):(.*) /index.php/$1:$2

RewriteBase /wiki/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*) index.php?title=$1 [L,QSA]

2 шаг:
Открываем LocalSettings.php и добавляем строку:

$wgArticlePath = "/wiki/$1";

Я добавил её сразу после:

$wgScriptPath = "/wiki";
$wgScriptExtension = ".php";

Все. Теперь при запросе http://example.com/wiki/Заглавная_страница будет отображаться ваша главная страница.